Extrait du site de la ville de Pont-Rouge et du volume « À la découverte de l’église Sainte-Jeanne de Pont-Rouge (mai 2017) » . C’est le 15 avril 1867, Monseigneur Charles-François Baillargeon, archevêque de Québec, rend hommage à la ténacité des fondateurs de la paroisse religieuse Sainte-Jeanne-de-Neuville en signant le décret confirmant sa fondation. Le territoire de la nouvelle entité est constitué de portions détachées des municipalités avoisinantes, soit Cap-Santé, Saint-Basile et Neuville. Par la suite, en 1870 et 1876, d'autres rangs sont détachés de Cap-Santé, Sainte-Catherine-de-la-Jacques-Cartier et Neuville pour se joindre au territoire de la paroisse. En novembre 1869, la construction de l'église est terminée et elle peut accueillir les premiers fidèles pour la célébration des offices religieux. Le nom de la paroisse, Sainte-Jeanne-de-Neuville, tire ses origines du fait que son territoire recoupait une partie de l'ancienne Seigneurie de Neuville. La Paroisse poursuit son développement, et son histoire, comme celle de plusieurs autres d'ailleurs, est étroitement liée au développement des voies de communication. Sur le territoire de cette paroisse, qui allait devenir Pont-Rouge, l'impact des ponts sur son développement a été particulièrement important.

Le pont Royal, aujourd'hui appelé pont Déry, fut érigé vers 1739 puis il a été reconstruit à plusieurs reprises. Le tablier du pont, de faible résistance, s'écroulait en raison de sa capacité de charge. Au moment de la guerre entre l'Angleterre et les États-Unis, de 1812 à 1814, les troupes et convois de munitions se rendant à Montréal auraient défilé sur le pont Royal surplombant la rivière Jacques-Cartier. Ce pont a longtemps servi à faciliter le transport de lourdes charges ou le passage des diligences transportant notamment le courrier entre Montréal et Québec. À cette époque, il fallait payer une redevance au poste de péage dont le bâtiment est encore présent. C'est d'ailleurs ce poste de péage qui a stimulé la construction d'un autre pont sur la rivière Jacques-Cartier, le pont rouge, où le passage était gratuit. Ce dernier pont, érigé au centre de la paroisse, relie d'Est en Ouest la rue Dupont qui a été nommée ainsi non pas à cause de cette structure, mais bien en l'honneur du curé Charles-François Dupont qui a pratiqué à Pont-Rouge de 1917 à 1933.

La rivière a de tous les temps suscité un intérêt particulier. Comme l’écrivait le curé et écrivain Auguste-Honoré Gosselin, « ce qui donne l'attrait à la Ville de Pont-Rouge, c'est cette belle et gracieuse nature dont cette rivière Jacques-Cartier qui la traverse, pleine de vie et de mouvements ».L’économie de Pont-Rouge a connu un essor important suite à la construction en 1874 du chemin de fer par la compagnie Canadien Pacifique. Il servait à l'époque de transport pour les voyageurs et il a été une véritable source de développement par la venue de nouvelles industries dans notre localité. Le début du XXe siècle a été marqué par de grands changements et Pont-Rouge n'y a pas échappé. L'apparition d'industries nouvelles dans la municipalité, l'augmentation de la population, les différents développements dans les services sont autant d'exemples qui nous montrent que les dirigeants de Pont-Rouge ont suivi la « marche du progrès ».

L’îlot paroissial, ancêtre d’une forme de centre-ville, comprend l’église, la salle paroissiale, le presbytère et un cimetière. L’église en pierre est orientée nord-sud, ce qui est peu fréquent dans la grande région de Québec. Elle est prolongée par une sacristie. L’ancienne salle paroissiale, construite en 1948-1949, est un bâtiment de plan rectangulaire à deux étages. Elle fut originalement érigée à même les fonds de la paroisse puis cédée en 1966 à la municipalité. Le presbytère en brique, construit en 1918, est une maison cubique, de plan carré, à deux étages et demi surmontée d’un toit en pavillon tronqué. Une galerie couverte ceinture le bâtiment sur deux côtés. Une annexe rectangulaire est adossée au mur arrière.

Malgré sa division en 1911, le village de Pont-Rouge et la paroisse Sainte-Jeanne-de-Pont-Rouge ont su garder une bonne entente permettant l'achat de biens et l'implantation de services en commun. Ce contexte a permis, au fil des ans, le regroupement réalisé le 3 janvier 1996 sous la nouvelle désignation de « Ville de Pont-Rouge ».

La Fabrique de Pont-Rouge a été fusionnée à la Fabrique Bienheureuse Mère Saint-Louis le 1 janvier 2018.